1. Ссылки

Итак, жёсткую ссылку на директорию нельзя создать. 
Однако, если вы создадите директорию «a» в домашней папке и напишите ls -l, то в столбце «жёсткие ссылки» вы увидите двойку. Почему?

Попробуйте перейти в неё и напишите ls -al. Видите "." и ".."?
Так вот, в этом случае "." — жёсткая ссылка на созданную вами директорию. То есть сама директория и "." это две жесткие ссылки на директорию.
Пойдём дальше. Создадим внутри «a» директорию «b».
Вернёмся назад, в домашнюю папку и напишем ls -l. В этом случае в столбце будет уже «3».
Зайдём в директорию «b» и напишем ls -al.
Там видим знакомые нам точечки ("." и ".."). Так вот, в этом случае «..» — это жёсткая ссылка на родительскую директорию «b», т.е. на директорию «а». Понимаете, к чему это я?
Так, создавая директории внутри «а» вы создаёте ещё и жёсткие ссылки на «а». Поэтому количество ссылок и увеличивается. Первый вопрос по ссылкам решён.

Теперь второй вопрос.

Допустим, мы находимся в /home/zar/ и выполняем следующие команды:
echo 1 > 1	# создадим файл 1 с содержимым «1»
ln -s 1 2 	# создадим символьную ссылку на 1 и назовём её 2
ln 2 3		# создадим жёсткую ссылку 3 на символьную ссылку 2 (оно всё равно будет ссылаться на 1)
mkdir 4		# создадим директорию 4
mv 3 4		# перенесём жёсткую ссылку 3 в директорию 4
cat 4/3		# выведем содержимое жёсткой ссылки 3

Здесь начинается магия. cat 4/3 скажет, что файла 1 нет. Почему?
Когда мы создали «2» — в «2» хранился относительный адрес до файла 1.
Относительный адрес — это когда сам файл ищется по адресу относительно текущей директории.

Например, если символьная ссылка «lnk» содержит адрес «abcd» и лежит в папке /home/zar/, то cat lnk выведет значение из файла (если такой файл есть) /home/zar/abcd. Если перенести «lnk» в /home/afanas/, то cat lnk попытается вывести /home/afanas/abcd.

Вот. Поэтому, когда мы делаем cat 4/3, то 3 ссылается на 2, в которой хранится относительный адрес «1» и cat пытается найти файл /home/zar/4/1.

Далее, команды в списке продолжались:
ln 4 5			# физически невыполнимая команда создания жёсткой ссылки на директорию 4
ln -s 4 6 		# уже реализуемая команда создания символьной ссылки на 4
echo 3 > 4/1	# создаём файл 1 в директории 4 с содержимым «3»
cat 4/3			# теперь это команда найдёт /home/zar/4/1 и выведет, внезапно, «3»

Ну вы поняли.